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內容構建好了之后，大連網站建設的方向及內容等相關問題已經確定下來。結構設計要做的就是把內容規劃分為結構清晰的層次體系，如模塊的劃分以及和它的關系、網站的層次和它的關系、網站鏈接的路徑配置、功能性的頁面上的分配等。
1．物理結構
網站物理式的結構是說網站建設下的目錄及其所有文件的存儲位置所表現出來的地方，一般情況有兩種表現形式，分別是扁平式的結構和樹形式的物理結構。
對小型網站來說，所有網頁都要放在整體網站建設的根目錄下，像這樣的結構這個就是扁平式的結構。扁平式的結構對網頁搜索引擎來說是為最想要的效果，這是因為有一次訪問就可查看所有頁面。但是，有的網站網頁有點多，根目錄下文件太多，查找、維護起來就會非常麻煩。所以，扁平式的物理結構大部分用于只有很少頁面的比較小和微型站點。
對于網站整體比較大的網站，一般都是需要二層、三層甚至多層子目錄下才能確保網頁的存儲，像這樣的多層級次的目錄也稱樹形式的物理結構，這是說根目錄下再劃分成多個頻道或目錄，然后在相關目錄下再存到屬于當前目錄的內容網頁。用樹形式的物理結構的優點是維護容易，缺點搜索引擎的獲取會相對困難。現在，網上的網站建設因為內容普遍而且比較多彩，在這樣的情況下大都采用樹形物理結構。
2．邏輯結構
與網站的物理結構不同，網站建設的邏輯結構也稱鏈接結構，這個是說網站建設時候的內部鏈接組成的邏輯結構。邏輯式的結構和物理式的結構的不同點在于，邏輯式的結構由網站頁面的連接關系決定，但是物理式的結構由網站建設的頁面存儲位置決定。
在網站的邏輯結構中，一般都是采用“鏈接深度”來描述頁面之間的有關的關系。鏈接深度是說從源頁面到目標頁面所走過的路徑的數量。例如，某網站的頁面A中存在一個走向目標頁面C的頁面，則從網頁A到網頁C的深度鏈接就是1。
和物理結構類似，網站建設的相關構成也是可以分為扁平式的和樹形式兩種。在扁平式的相關結構的網站中，任意兩個頁面都可以互相連接，也就是說，網站建設中隨便一個頁面中包含其他頁面的導向，頁面和頁面中的深度鏈接都是1。現在的網絡上，一般沒有單純用扁平式的邏輯結構作為整個結構的網站建設。樹形式的邏輯是說用分類、頻道等頁面，對具有相同的屬性的網頁進行鏈接地址構成的的網站建設結構。在樹形式的邏輯相關網站，鏈接深度大都大于1。
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